天保8（1837）年に竣工した社殿は、高さ約18m、銅板葺総欅造二重入母屋造の荘厳な建物で、御本宮と間違える参拝客もいるほど。天保美術の粋を集めた華麗な装飾も見事で、上層の屋根裏には巻雲、柱間や扉には人物、鳥獣、草花の彫刻が施されています。

闇峠と呼ばれる木々に囲まれた坂の鳥居をくぐると、正面には心身を清める手水舎がありますが、ここの手前で石段が1段下がります。御本宮までの石段は785段。しかし、実際には上がる階段は全部で786段あるのです。一説によると、786は「な・や・む」につながるため、ここで1段下げ785段にしたとも言われています。

最後の難所「御前四段坂」と呼ばれる急階段を上りきったら、いよいよ「御本宮」に到着です。御本宮社殿の創立に関しては、詳しいことはわかっていませんが、1000年ほど前から数回にわたる改築、再営を経て、明治11（1878）年の改築で現在の社殿が造られました。本殿の壁板や天井には、ここまでの苦労を癒してくれるかのような見事な蒔絵が描かれています。
御本宮の北東側の高台からは、讃岐平野を見渡せます。天気が良ければ瀬戸大橋まで望むことができます。

また、毎月1・10・26日には月次祭があり、10月9日〜11日には例祭があります。例祭など大きな祭典では、拝殿で神職や巫女の優美な舞を見ることができます。

御本宮で参拝を済ませたら、神札授与所へ。おみくじのほか、こんぴらさん名物の「幸福の黄色いお守り」「笑顔元気くん朱印帳」「笑顔元気くん守り」もあります。