瀬大鳥居から381段の階段を上がると本殿がある。途中には、源義経が屋島の合戦の戦勝を祈願して奉納したと伝えられる木の鳥居や、「遍路道の父」とも言われている真念の道しるべが残っている。琴弾八幡宮の由来に琴の演奏の音楽がながれ、訪れる人の心を癒してくれる。本殿からの眺めは、雄大である。琴弾八幡宮は琴を祭神とすることから技芸や勝利の神として多くの人々が参拝に訪れている。また、滝沢馬琴の「椿説弓張月」やアニメ「結城友奈は勇者である」の舞台にもなっている。