水主と書いて「みずし」と呼びます。境内は県の自然環境保全地域に指定されています。
源義経が進軍中に立ち寄って戦勝を祈り、延歴九年には天台宗の最澄が参詣し、また、弘法大師は閼伽井（あかい）水を掘り水主神社に奉献しました。